Lyndon Baines Johnson sinh ngày 27 tháng 8 năm 1908 tại Stonewall, Texas, trong một trang trại nhỏ trên sông Pedernales. Ông là người con lớn nhất trong số năm người con được sinh ra bởi Samuel Ealy Johnson Jr. và Rebekah Baines. Johnson có một anh trai, Sam Houston Johnson và ba chị em, Rebekah, Josefa và Lucia. Thị trấn nhỏ gần đó của thành phố Johnson, Texas, được đặt theo tên của anh em họ của cha Johnson, James Polk Johnson, có tổ tiên đã di chuyển về phía tây từ Georgia. Johnson có tổ tiên là người Anh, người Đức và người Ulster Scots. Ông là hậu duệ của dòng dõi giáo sĩ Baptist tiên phong George Washington Baines, người đã giám sát tám nhà thờ ở Texas, cũng như những người khác ở Arkansas và Louisiana. Baines, ông ngoại của Johnson, cũng là chủ tịch của Đại học Baylor trong cuộc Nội chiến Hoa Kỳ.

Ông nội của Johnson, Samuel Ealy Johnson Sr., được nuôi dưỡng như một người Baptist và trong một thời gian là thành viên của Giáo hội Kitô giáo (Disciples of Christ). Trong những năm cuối đời, ông nội trở thành Kitô hữu; cha của Johnson cũng gia nhập Giáo hội Christadelphian đến cuối đời. Sau đó, với tư cách là một chính trị gia, Johnson bị ảnh hưởng trong thái độ tích cực của ông đối với người Do Thái bởi niềm tin tôn giáo mà gia đình ông, đặc biệt là ông của Johnson, đã chia sẻ với ông. Câu Kinh Thánh yêu thích của Johnson đến từ Phiên bản King James của Ê-sai 1:18. "Hãy đến ngay bây giờ và để chúng ta cùng nhau lý luận..."

Ở trường, Johnson là một cậu học sinh vụng về, hay nói chuyện trong lớp và được bầu làm chủ tịch của lớp 11. Ông tốt nghiệp năm 1924 tại trường trung học thành phố Johnson, nơi ông tham gia nói chuyện trước công chúng, tranh luận và chơi bóng chày. Ở tuổi 15, Johnson là thành viên trẻ nhất trong lớp. Bị áp lực bởi cha mẹ để theo học đại học, ông đăng ký vào một "trường con" của Đại học Sư phạm Tây Nam Texas (SWTSTC) vào mùa hè năm 1924, nơi học sinh từ các trường trung học không có bằng cấp có thể tham gia các khóa học lớp 12 cần thiết để được nhận vào đại học. ông rời trường chỉ vài tuần sau khi đến và quyết định chuyển đến miền nam California. Ông làm việc tại cơ sở hành nghề pháp lý của anh em họ và làm nhiều công việc lặt vặt trước khi trở về Texas, nơi ông làm việc như một người lao động ban ngày.

Năm 1926, Johnson quản lý để ghi danh tại SWTSTC (nay là Đại học bang Texas). ông đã làm việc theo cách của mình thông qua trường học, tham gia vào cuộc tranh luận và chính trị trong khuôn viên trường, và chỉnh sửa tờ báo của trường, The College Star. Những năm đại học trau chuốt thêm kỹ năng thuyết phục và tổ chức chính trị của ông. Trong chín tháng từ 1928-1929, Johnson phải dừng lại việc học của mình để dạy trẻ em Mexico-Mỹ tại trường Welhausen, khoảng 90 dặm (140 km) về phía nam của San Antonio tại La Salle County. Công việc giúp ông tiết kiệm tiền để hoàn thành việc học của mình và ông tốt nghiệp vào năm 1930. Johnson đã giảng dạy trong thời gian ngắn tại trường trung học Pearsall trước khi đảm nhiệm vị trí giáo viên nói trước công chúng tại trường trung học Sam Houston ở Houston.